故事发生在一个秘密的科学实验室里，超级计算机“红色女王”失去控制，成为人类的巨大威胁；原本在里面工作的科学家为某种病毒侵袭，死而复生变为僵尸——嗜血的活死人。整座大厦为血腥恐怖的气氛笼罩，眼看病毒即将爆发，危机不可避免，整个世界将变成地狱，全体人类将成为僵尸。一个特别任务小组开始了拯救行动。

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难。四小时后，蜂巢安保人员爱丽丝在蜂巢出口醒来，并且因为催眠气体而失忆。一支受命关闭红色女王的特种小队来到此处，与爱丽丝，自称警察的安德森，以及蜂巢工作人员帕克斯组队深入地下。一行人因任务目标与红色女王冲突而先后遭遇保卫系统和丧尸的连番袭击，而爱丽丝渐渐恢复的记忆揭示了她与同行者非同一般的联系。这场生化丧尸危机该如何解除

隶属于BASS的佣兵克里斯奉命前往某处洋馆调查武器走私案件，哪知道在那里遇见了国际通缉犯格伦，两人交手数回合之后，格伦夺路而逃。大学教授瑞贝卡正在研究死者复活伤人时间，由此发现了新型病毒的存在，并且迅速研制出了针对这种病毒的解药，哪知道在这个节骨眼上，研究所遭到恐怖分子的袭击，好在关键时刻克里斯赶到了，救出了瑞贝卡。之后，两人同美国总统直属部队DSO的成员里昂汇合，三人发现，格伦真正的目标正是新型病毒，他想要制造一场破坏性极强的生化危机。